O Rio Pinheiros, principal afluente do Tietê, enfrenta problemas históricos de poluição, com cerca de cem toneladas de lixo retiradas diariamente em seus 25 quilômetros. O Governo de São Paulo anunciou um plano para aumentar em 20% a coleta de resíduos flutuantes e elevar a frota de barcos de oito para onze.
O programa, executado pela SP Águas, prevê uma estrutura composta por cinco conjuntos de embarcação e retroescavadeira embarcada, além de seis barcos menores, conforme detalhado pela Semil. O custo mensal da operação de dragagem é de cerca de R$ 5 milhões.
Especialistas, contudo, alertam que o processo ainda é insuficiente. Gustavo Veronesi, coordenador da causa Água Limpa da Fundação SOS Mata Atlântica, declarou que a qualidade da água se mantém em nível péssimo e que é necessário um esforço maior do governo e da população.
A limpeza remove resíduos flutuantes e sedimentos do leito. Os detritos retirados do fundo do canal são majoritariamente areia, silte e lodo. Após a coleta, os materiais são enviados ao Essencis, o maior aterro sanitário do Brasil, em Caieiras.

